Snel uitsluitsel over een mogelijke besmetting met ziekten en plagen kan veel geld schelen, zowel in de teelt als in de handel. Met Next Generation Sequencing is binnen een etmaal te achterhalen of een partij besmet is met een bekende ziekteverwekker of zelfs een nieuwe verdachte.
Plantmateriaal en eindproducten worden op grote schaal over de wereld verscheept. Die internationale handel zorgt voor een reëel risico op insleep van nieuwe ziekten en plagen. Goede testen zijn daarom van groot economisch belang. Bovendien kost elk oponthoud geld, dus ook snelheid is zeer gewenst.
PCR-test
Keuringsdiensten maken nu veel gebruik van PCR-testen. Dat is een moleculaire test, die de aanwezigheid van ziekteverwekkers zichtbaar maakt door specifieke delen van het DNA te vermenigvuldigen. Deze test is zeer geschikt om vermoedens op grond van symptomen te bevestigen, of om gericht de aanwezigheid van bepaalde ziekteverwekkers te monitoren. Nadeel is wel dat je zo alleen bekende ziekteverwekkers kunt terugvinden. Als je geen idee hebt om welke ziekte het zou kunnen gaan, wordt het zoeken naar een speld in een hooiberg.
Next Generation Sequencing
De afgelopen jaren is de snelheid van het ‘sequencen’ (het in kaart brengen van genetische informatie) zo toegenomen, dat een nieuwe techniek genaamd Next Generation Sequencing gebruiksklaar is. “Daarmee kun je tegelijkertijd miljarden letters in het DNA bepalen. Je brengt eerst alles in beeld en vervolgens bekijk je of de gevonden DNA-volgorden bekend zijn. Je vindt uiteraard de planteigen sequenties, maar ook die van eventuele ziekteverwekkers. Met geavanceerde software is dat te analyseren en te vergelijken met een databank met genetische kennis”, vertelt Theo van der Lee, specialist moleculaire fytopathologie van Wageningen University & Research.
Interpretatie
Nu is het altijd mogelijk dat een ziekteverwekker nog niet in de databank staat, maar ook daarvoor is vaak een oplossing: “Je bekijkt dan of je de informatie kunt interpreteren, bijvoorbeeld omdat de sequentie lijkt op iets wat je al wel kent. Van een onbekend organisme weet je niet of dat planten ziek kan maken, maar het geeft je wel een ‘verdenking’ die je verder kunt onderzoeken”, aldus Van der Lee.
Ruim een etmaal
Het hele analyseproces vergt ruim een etmaal; in verreweg de meeste gevallen is dan bekend om welke ziekteverwekker het gaat. Eventuele transporttijd van het monster naar het lab komt daar nog bij, maar een geïmporteerde lading plantmateriaal hoeft dus niet meer lang aan de ketting te blijven liggen wegens onduidelijkheid over de fytosanitaire status. De techniek is ook geschikt bij onbekende symptomen en als snel handelen geboden is, bijvoorbeeld vanwege de verdenking van ‘nieuwe’ ziekten. Binnen het project ‘Ontwikkeling diagnostiek plantenziekten, quarantaine en kwaliteitsziekten in planten’ doen keuringsdiensten onder regie van Wageningen University & Research ervaring op met de nieuwe technologie.
Tekst: Tijs Kierkels, beeld: Fotostudio G.J. Vlekke
